耶鲁大学(Yale University),简称“耶鲁”“Yale”,坐落于美国康涅狄格州纽黑文,是世界著名的私立研究型大学、全美第三古老的高等学府、 美国大学协会的14所创始院校之一,也是著名的常春藤联盟成员。
想要出国访问学习的小伙伴看过来啦,美国耶鲁大学计算生物学、Python、Perl、R和机器学习方面或相关研究方向正在招收访问学者、博士后!51访学网小编每周定时更新最新的访学招聘信息,感谢关注51访学。
Giraldez 实验室结合了基因组学、计算生物学和遗传学来确定生物学、基因调控和发育生物学的基本过程。我们对使用斑马鱼和其他模型系统了解脊椎动物细胞转变的分子机制有着浓厚的兴趣。我们的实验室有几位计算生物学家与实验家相结合,提供了出色的跨学科背景和湿生物学交叉培训。
项目:以下任一项目可供计算生物学家承担:1)单细胞测序分析以了解细胞命运规范的调控代码,或 2)利用计算工具模拟基因表达和整合来自信号的翻译我们在实验室中发现的多种调节机制。我还鼓励有创造力的博士后开发新的研究领域,包括基因调控网络、染色质调控、单细胞基因表达分析、翻译调控、RNA-蛋白质相互作用网络和脊椎动物发育中的RNA结构。
资格:申请人需要在计算生物学、Python、Perl、R 和机器学习方面有很强的背景。只有具有此专业知识的申请人才会被考虑担任该职位。不需要分子生物学或发育生物学方面的经验。
申请:请将您的申请以PDF文件的形式发送,包括您当前研究的简历、摘要和相关性(最多 500 字)、您对 Giraldez 实验室感兴趣的原因(最多 200 字)以及三个参考文献的名称:antonio.giraldez @yale.edu
在电子邮件的主题中包含“计算生物学 2022”。只有提供这些材料的申请才会被考虑。申请将在他们到达时被考虑,直到职位被填补。
网站:giraldezlab.org
精选刊物
先驱因子活动的景观揭示了染色质重编程和基因组激活的机制。
Miao L、Tang Y、Bonneau AR、Chan SH、Kojima ML、Pownall ME、Vejnar CE、Gao F、Krishnaswamy S、Hendry CE、Giraldez AJ。 摩尔细胞。2022 年 3 月 3 日;82(5):986-1002.e9。doi: 10.1016/j.molcel.2022.01.024。电子版 2022 年 2 月 18 日。
Ythdf m 6 A 阅读器在斑马鱼发育过程中功能冗余。
Kontur C, Jeong M, Cifuentes D, Giraldez AJ。 细胞代表。2020 年 12 月 29 日;33(13):108598。doi: 10.1016/j.celrep.2020.108598。
斑马鱼母体向合子转变过程中调节 mRNA 稳定性的 3′ UTR序列元件和蛋白质的全基因组分析。
Vejnar CE、Abdel Messih M、Takacs CM、Yartseva V、Oikonomou P、Christiano R、Stoeckius M、Lau S、Lee MT、Beaudoin JD、Musaev D、Darwich-Codore H、Walther TC、Tavazoie S、Cifuentes D、Giraldez AJ . 基因组研究。2019 年 7 月;29(7):1100-1114。doi: 10.1101/gr.245159.118。Epub 2019 年 6 月 21 日。
Brd4 和 P300 在合子基因组激活期间赋予转录能力。
Chan SH, Tang Y, Miao L, Darwich-Codore H, Vejnar CE, Beaudoin JD, Musaev D, Fernandez JP, Benitez MDJ , Bazzini AA, Moreno-Mateos MA, Giraldez AJ。 开发细胞。2019 年 6 月 17 日;49(6):867-881.e8。doi: 10.1016/j.devcel.2019.05.037。
mRNA 结构动力学分析确定胚胎基因调控程序。
Beaudoin JD、Novoa EM、Vejnar CE、Yartseva V、Takacs CM、Kellis M、Giraldez AJ。 Nat 结构分子生物学。2018 年 8 月;25(8):677-686。doi: 10.1038/s41594-018-0091-z。电子版 2018 年 7 月 30 日。
上游 ORF 是脊椎动物中普遍存在的翻译抑制因子。
约翰斯通 TG、Bazzini AA、Giraldez AJ‡。EMBO J . 2016 年 2 月 19 日。pii:e201592759。
脊椎动物发育过程中的母体到合子的转变:重新编程的模型。Yartseva V‡、Giraldez AJ‡。 Curr 顶级开发生物学。2015;113:191-232。
使用核糖体足迹和进化守恒鉴定动物中的小ORF。Bazzini AA ‡# , Johnstone TG # , et al., EMBO J. 2014, May 2;33(9):
Nanog、SoxB1 和 Pou5f1/Oct4 在母体向合子过渡期间调节广泛的合子基因激活。
Lee MT #、Bonneau AR #等人,自然, 2013 年。11 月 21 日
核糖体分析表明 miR-430 在导致斑马鱼 mRNA 衰变之前减少了翻译。
Bazzini AA、Lee MT、Giraldez AJ ‡。 科学2012 年 4 月 13 日:233-237
SDF1趋化因子信号传导的miRNA调节为生殖细胞迁移提供遗传稳健性。Staton AA、Knaut H 和 Giraldez AJ ‡ 。 自然遗传学。2011 年 3 月;43(3):204-11。电子版 2011 年 1 月 2 日
一种独立于 Dicer 的新型 miRNA 加工途径需要 Argonaute2。
Cifuentes D.等人,科学。2010 年 6 月 25 日;328(5986):1694-8。Epub 2010 年 5 月 6 日
斑马鱼 miR-430 促进母体 mRNA 的去腺苷酸化和清除。
Giraldez AJ 等人, 科学。2006 年4 月 7 日;312(5770):75-9。
MicroRNAs 调节斑马鱼的脑形态发生。
Giraldez AJ等人, 科学。2005 年5 月 6 日;308(5723):833-8。
Antonio J. Giraldez 博士 遗传学系
教授
癌症中心
干细胞基金会
计算生物学和生物信息学
耶鲁大学
医学院